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Pelo fato de apresentarem características morfológicas diferentes.
O domínio Archea é representado por organismos que não apresentam peptideoglicanos na parede celular, além de serem capazes de produzir o gás metano como produto final do metabolismo, e são capazes de viver em ambientes de condições extremas.
Já o dominio Bacteria são formados por bactérias, micoplasmas, cianobactérias com peptideoglicanos na parede celular, e diferentes composições do RNA ribossômico.
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