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A 21 de novembro de 1806, com o objetivo de obrigar a Inglaterra a capitular, Napoleão Bonaparte impôs o Bloqueio Continental, que proibia a entrada de navios ingleses em portos portugueses. Portugal procurou manter a neutralidade no conflito mas a aliança e a dependência económica face à Inglaterra não aconselhavam os governantes portugueses a acatar a imposição francesa. Perante a indefinição portuguesa, franceses e espanhóis assinam, a 27 de novembro de 1807, o Tratado de Fontainebleau, no qual o reino de Portugal era dividido entre a França e a Espanha. D. João VI ainda tentou mudar de planos e fazer cumprir o bloqueio, mas já era tarde demais. O general Andoche Junot, acompanhado de 25 000 homens, a 19 de novembro, já se encontrava em Castelo Branco. O príncipe regente e a família real, com a proteção da marinha inglesa, embarcam para o Brasil. Pouco tempo depois, as tropas espanholas também entram em Portugal e ocupam o Norte e o Alentejo.
A junta de Regência que ficou em Lisboa depressa foi substituída pelo governo de Junot