Respostas
depende de como vai ser sua aplicação. O JavaScript é indicado para programas web, que podem ser visualizados em sites, porém a linguagem, com o uso de frameworks, possibilita criar aplicativos fora da web.
Se você não precisa usar o ambiente web, pode fazer com Java tranquilamente. Vai da sua escolha.
o JavaScript é mais flexível em relação a algumas coisas, o Java já é mais chatinho com elas.
Você tem conhecimento em ambas as linguagens? pretende fazer um app pra computador?
Resposta:
Depende do seu objetivo, se for focado em apenas android é melhor o Java, pois vc pode usar o Andoid Studio (porém é bem pesado, precisa de um computador potente) e desenvolver nativamente, e se precisa aprender do básico e quer montar o app rápido o Java é mais simples.
Já o JavaScript vc terá que aprender o JavaScript + um Framework (React Native ou Ionic) o que provavelmente demoraria mais tempo, mas a vantagem é que com essa ferramenta vc pode desenvolver para multiplataformas (ou seja, IOS e Android), a única "dificuldade" é de não ser nativo.
Recomendo primeiro definir o objetivo do app e o modelo, depois pesquisar sobre as linguagens e qual melhor vai te atender
Explicação: