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Resposta:
Uma rebelião nativista é aquela que defende que os direitos dos povos nativos de um país (não confundir com indígenas, embora estes também sejam "povos nativos") devem ser o principal objeto de preocupação do governo que controla este país, expulsando elementos estrangeiros e estabelecendo um governo "local".
No caso do Brasil, eram as rebeliões que desejavam expulsar a administração portuguesa e estabelecer um governo brasileiro genuíno. Isto não necessariamente envolve fundar um novo país ou separar-se do atual.
As rebeliões separatistas, por sua vez, desejam separar-se politicamente de um país, de modo que fundam um novo governo em um novo país, expulsando os elementos estrangeiros ao mesmo tempo em que fundam, de fato, uma nova nação.