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Por serem fotossintetizantes, eles garantem, por exemplo, a oxigenação da água. Além disso, constituem a base da cadeia alimentar aquática, uma vez que são produtores. O fitoplâncton afeta ainda a quantidade de luz que penetra na coluna d'água. Assim, em grandes quantidades, ele pode ser responsáveis pela diminuição de luz no ambiente, acarretando danos às espécies que ali vivem.
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