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Apesar da preocupação do governo em relação à soberania nacional e à discussão de pautas relacionadas ao meio ambiente, o Vaticano e os bispos têm sido claros em relação ao foco do Sínodo da Amazônia.
Ao convocar a assembleia, o Papa Francisco disse que seu objetivo principal é "identificar novos caminhos para a evangelização daquela porção do povo de Deus, especialmente dos indígenas, frequentemente esquecidos e sem perspectivas de um futuro sereno". Ou seja, pensar sobre novas formas de cristianizar os povos amazônicos é o foco do Sínodo.
O cardeal brasileiro dom Odilo Scherer reforçou essa mensagem em artigo recente, afirmando que "seria um equívoco pensar que o Sínodo da Amazônia vai tratar somente de questões ambientais". Ele destacou que "o documento preparatório já amplia o horizonte, incluindo o ser humano na preocupação ambiental".
Em todos os documentos que precedem a realização do Sínodo, a discussão sobre a evangelização dos povos amazônicos é apresentada como o grande objetivo das reuniões, ainda que os problemas ambientais também estejam no panorama das discussões.