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Olá!
Bom, caso esteja falando sobre estudar determinadas regiões codificadoras através do material genético, a eucromatina é a mais indicada, pois nela o DNA está desespiralizado. Porém, caso deseje observar a estrutura do DNA, a melhor fase para isso é durante a metáfase, em que a heterocromatina se encontra ainda mais espiralizada e é possível ver o cariótipo.
Deixei imagens para facilitar o entendimento.
Espero ter ajudado :D
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