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Existem bactérias que são decompositoras e saprófitas. Suas funções, junto aos fungos, são de reciclagem da matéria orgânica proveniente de organismos mortos, além de resíduos como fezes e urina. Eles transformam essas matérias em moléculas de composição mais simples, o que é essencial para que o ciclo tanto do nitrogênio quanto do oxigênio sejam desempenhados corretamente.
O ciclo do nitrogênio é realizado por bactérias do gênero Rhizobium que estão presentes em raízes de leguminosas. Elas transformam o nitrogênio da atmosfera em nutrientes – nitritos e nitratos, por exemplo -, para que sejam assimilados pelas plantas que servirão de alimento para animais herbívoros. Estes, por sua vez, são alimentos para os carnívoros e assim por diante dentro da cadeia alimentar.
No ambiente, as bactérias – cianobactérias – podem se associar aos fungos e formar líquens que, além de funcionar como bioindicadores de qualidade ambiental, ajudam a criar condições benéficas para outras espécies colonizarem determinados ambientes. Além disso, podem ser usadas na fabricação de corantes. Algumas bactérias são usadas como fermentadoras, atuando na fabricação de bebidas, coalhadas e iogurtes, entre outras utilidades.