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Autonomia é um conceito que determina a liberdade de um ser em coordenar livremente a sua vida, efetuando racionalmente as suas próprias escolhas. Ou seja, a autonomia é a liberdade, mas sendo considerado certo e errado, já a liberdade é fazer suas vontades só pelo querer.
Se seu patrão te pede para fazer tal coisa você pode não fazer? Sim, mas isso terá consequências, como qualquer outra ação, o que muda é se você irá reagir com racionalidade ou não: você está no trabalho para ter uma fonte de renda, logo, você faz coisas e é recompensado pelo seu trabalho sendo um valor fixo ou não. Então nessa cituação agir racionalmente seria fazer o que? Seria fazer a atividade dada ao seu chefe para evitar as consequências e para agir com lógica, afinal você está lá para isso, assim, você estaria agindo com autonomia. Já se você não fizer você estará agindo com liberdade: ao mesmo tempo que você estará rejeitando a atividade dada, você está ciente das consequências, porém não faz mesmo assim por que você não quer.