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Para entender como surgiu o deserto do Atacama e o que caracteriza o seu clima, é preciso compreender os efeitos das correntes marítimas sobre o clima e, mais precisamente, uma corrente que atravessa o Oceano Pacífico na costa oeste da América do Sul, a Corrente de Humboldt.
Essa corrente é do tipo fria, pois se origina na Antártida e desloca-se em direção à linha do Equador, gerando muita umidade por onde passa, principalmente no território chileno. Com isso, a precipitação litorânea é muito acentuada, tornando o ar que se desloca para o interior do continente muito seco, o que se assevera pelos 2400 m de altitude do deserto responsáveis por dificultar a chegada de ar úmido. Do lado leste do deserto, ainda existe uma forte barreira natural, a Cordilheira dos Andes, que impede a chegada do ar úmido advindo, principalmente, da Amazônia. Em função dessas características, forma-se uma região muito seca, que é a área do Atacama, onde raramente chove.