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O carbono alfa envolvido na ligação peptídica tem uma dupla ligação com um átomo de oxigênio provocando o deslocamento da nuvem eletrônica para si. Isto provoca uma carga parcial positiva no carbono alfa que intensifica a ligação com o átomo de nitrogênio do grupo amino do outro aminoácido envolvido na ligação ,visto que este nitrogênio tem carga parcial negativa visto que este atrai a nuvem eletrônica dos hidrogênio e do carbono ligados a ele.
As configurações possíveis da ligação são a trans. e a cis sendo que a trans. é mais favorável pois diminuem a proximidade dos grupos R dos aminoácidos
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