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Os protozoários são, na grande maioria, aquáticos, vivendo nos mares, rios, tanques, aquários, poças, lodo e terra úmida.
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São encontrados em lugares húmidos, desde água doce, salobra ou salgada, no solo ou em matéria orgânica em decomposição, e até no interior do corpo de outros protistas, plantas ou animais.
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