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Eucariontes são seres com núcleo, e organelas membranosas, diferente de procariontes. Protoctistas, ou só "protistas" são uma classificação de reino. São classificações diferentes. E ser unicelular ou não, não influencia em ambas classificações.
Por exemplo:
Reino monera, os indivíduos dele são todos procariontes e unicelulares.
Reino Protoctista: são todos unicelulares e eucariontes
Reino Fungi: há Eucariontes pluri e unicelulares
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