Question

por que o termo átomo não está de acordo com o que hoje se sabe dessa partícula?

Answer 1

Pois esse termo foi dado a partícula que era considerada a menor possível, sendo indivisível.
Hoje já se sabe que um átomo é constituído por partículas menores que ele, como os prótons e os elétrons. Indo mais afundo, descobriram partículas menores ainda, sao os chamados "quarks".

Qualquer duvida pergunte nos comentarios, espero ter ajudado :)