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A maior e mais populosa metrópole brasileira também é o maior polo empresarial de biotecnologia. São Paulo e região metropolitana abrigam 149 empresas de biotecnologia, além de grandes indústrias nacionais e internacionais como Natura, Monsanto, Johnson & Johnson, GE Healthcare, Bayer, Roche e Novartis. Além de contar com o maior contingente de empresas de biotecnologia no Brasil, a grande São Paulo é referência em pesquisa científica e inovação, destacando-se com instituições como a Universidade de São Paulo (USP) e o Instituto Butantan.
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