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Para a natureza, as bactérias são importantes porque atuam, juntamente aos fungos, na decomposição. Esse processo é importante porque esses organismos transformam matéria orgânica em produtos inorgânicos, que são aproveitados por outros seres.
Esses micro-organismos também têm grande importância para a indústria farmacêutica, pois é através delas que alguns medicamentos são produzidos, como por exemplo, a neomicina, terramicina, estreptomicina, cloraninicol, farmicetina etc. Além de medicamentos, as bactérias também produzem vitaminas, como é o caso da bactéria Propionilbacterium freudenreichii, que sintetiza a vitamina B12. As bactérias também são aplicadas na fabricação de butanol, acetona, metanol, bioinseticidas etc.
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