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A classificação é baseada na reprodução e, principalmente, na locomoção.
Dentro desta classificação, temos os ciliados que são aqueles que possuem e se locomovem por cílios e se reproduzem de forma sexuada ou assexuada; flagelados que se movem por flagelos e se reproduzem pela cissiparidade, já os esporozoários não têm organelas para se locomover e têm reprodução sexuada ou assexuada.
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