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Não é raro associarmos as bactérias às doenças que essas podem causar, tal como tuberculose, ou mesmo furúnculos. Entretanto, muitos destes organismos desempenham funções muito importantes para o meio ambiente e à vida humana.
Bactérias saprofágicas, por exemplo, ao se alimentarem da matéria orgânica sem vida, transformam-na em compostos inorgânicos mais simples, que serão incorporados em outros níveis tróficos da cadeia alimentar. Assim, juntamente com outros decompositores, como os fungos, exercem um papel de extrema importância para a manutenção da vida na Terra. Outras bactérias, ainda, são capazes de fixar nitrogênio, fertilizando o solo e fornecendo compostos nitrogenados a diversas plantas.
Indivíduos fermentadores são aqueles que degradam parcialmente moléculas orgânicas ricas em energia, podendo resultar em diversos produtos, dependendo da substância e do micro-organismo que desempenhou tal função. O álcool etílico e o ácido lático podem ser resultantes deste processo; e desses são fabricadas bebidas, por bactérias do gênero Acetobacter; e coalhadas e iogurtes, pelos gêneros Lactobacillus e Streptococcus. Outras espécies fermentadoras, ainda, podem viver de forma harmônica em nosso organismo, controlando a população de outros micro-organismos, inclusive os patogênicos.
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