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O esqueleto foi encontrado no início dos anos 1970, pela missão arqueológica franco-brasileira chefiada pela arqueóloga francesa Annette Laming-Emperaire (1917-1977), em escavações na Lapa Vermelha, uma gruta no município de Pedro Leopoldo (MG). A gruta era famosa pelos trabalhos do cientista Peter Lund (1801-1880), que lá descobrira, entre 1835 e 1845, milhares de fósseis de animais extintos da época do Pleistoceno e 31 crânios humanos em estado fóssil do que passou a ser conhecido como o Homem de Lagoa Santa. Seus hábitos alimentares incluíam folhas, frutas, raízes e algumas vezes, carne.
Inicialmente, Emperaire, acreditava que haviam na verdade dois esqueletos diferentes no local do sítio arqueológico: um mais recente, datado em 11 mil anos, e outro localizado um metro abaixo, datado em 12 mil anos, o qual seria da cultura Clóvis e ao qual pertenceria o crânio de Luzia. Entretanto, análises posteriores pelo arqueólogo francês André Prous revelaram que ambos os restos encontrados pertenciam a um mesmo indivíduo, datado em 11 mil anos – como o crânio havio rolado para longe do resto do esqueleto, Emperaire fizera uma interpretação errônea dos achados.