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As principais áreas de estudo da Microbiologia são:
- Genética Microbiana
- Microbiologia Médica
- Microbiologia Clínica
- Fisiologia Microbiana
- Microbiologia Veterinária
- Microbiologia Industrial
- Microbiologia Ambiental
- Microbiologia dos Alimentos
- Microbiologia Espacial
- Microbiologia Evolutiva
- Aeromicrobiologia (estudos dos microrganismos que são transportados pelo ar).
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