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Algumas espécies de fungos como o Agaricus campestris e o Lentinus edodes, conhecidos respectivamente como champignon e shitake, são amplamente utilizados no preparo de diversos pratos da gastronomia.
Além desses fungos, há os que são utilizados na fabricação de queijos, como o Penicillium roqueforti, utilizado na produção do queijo roquefort, e o Penicillium camembertii, utilizado na fabricação do queijo camembert.
Já as leveduras, como o Saccharomyces cerevisae, são empregadas na fabricação de alimentos como pães, roscas, bolos etc. Elas são utilizadas como fermento, pois conferem à massa leveza e maciez. Em bebidas alcoólicas, como a cerveja, uísque e saquê, o Saccharomyces cerevisae também é empregado, mas na produção de vinho, o fungo utilizado é o Saccharomyces ellipsoideus.
Além de serem importantes como decompositores, na indústria alimentícia e de bebidas, os fungos também são muito importantes na indústria farmacêutica, na produção de antibióticos como a penicilina, descoberta por Alexander Fleming no ano de 1929, que é amplamente empregada nos dias atuais.