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As bactérias podem ser classificadas como seres procariontes - isto é, não apresentam envoltório nuclear, no qual delimita o DNA dentro de uma estrutura ( núcleo ).
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As bactérias são organismos procariontes agrupados, de acordo com a classificação de cinco reinos, no Reino Monera. Quando analisamos a classificação em três domínios, as bactérias pertencem ao domínio Eubactéria e Archea, sendo esse último composto por bactérias que vivem em ambientes extremos, com alta concentração de sal, ácidos e temperatura.
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