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A causa exata da Síndrome de Asperger, assim como do Transtorno do Espectro do Autismo, ainda não é conhecida. Os cientistas, por outro lado, acreditam que uma anormalidade no cérebro das crianças portadoras seja a causa mais provável.
Outras doenças, como depressão e transtorno bipolar, também podem estar relacionados à Síndrome de Asperger e ao Transtorno do Espectro Autista.
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