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Vários fatores acabaram por levar à queda da Babilónia. Nabonido (r. 556–539 a.C.), filho da sacerdotisa assíria Ada-Gupi subiu ao trono em 556 a.C., depois de derrubar o jovem rei Labashi-Marduk. Com o passar do tempo, as pessoas ficaram inquietas e cada vez mais desafetadas sob seu mandato. Por um lado, o clero dedicado a Marduk odiava Nabonido porque ele suprimiu o culto de Marduk em favor do culto ao deus da lua, SinAlém disso, durante longos períodos, o governo foi confiado ao seu filho, o principe e o co-regente Belsazar, que era um soldado capaz, mas um mau político e diplomata
No oriente, o Império Aqueménida estava em forte expansão. O seu regente Ciro II conquistou um vasto território, que abrangia uma área correspondente aos modernos países Turquia, Arménia, Azerbaijão, Irão, Quirguistão e Afeganistão. O único poder significativo não conquistado que permaneceu no Próximo Oriente foi o Império Neobabilónico, que controlou a Mesopotâmia e os reinos submetidos, como a Síria, a Judeia, a Fenícia e partes da Arábia. A Babilónia estava intimamente relacionada com os inimigos de Ciro em outros lugares. O império era anteriormente aliado de Creso da Lídia, cujo reino foi invadido pelos persas alguns anos antes da invasão da Babilónia. Do mesmo modo, Ciro afirmou ser o legítimo sucessor dos antigos reis da Babilónia, e conseguiu ser muito popular na Babilónia, ao contrário de Nabonido.