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Nos manguezais podem ser encontradas centenas de guarás-vermelhos (Eudocimus ruber), cuja presença é erroneamente considerada resultado do controle da poluição pelo pólo industrial de Cubatão, ninhais de socós-caranguejeiros (Nyctanassa violacea), bandos de trinta-réis-reais (Thalasseus maximus) descansando nos bancos de lodo e grupos familiares de gaviões-asa-de-telha (Parabuteo unicinctus) caçando nas ilhas de restinga que pontilham a área. Nos esporões da Serra do Mar que encostam nos manguezais, vivem papagaios-moleiros (Amazona farinosa), gaviões-pombo (Leucopternis lacernulatus e L. polionotus) e gaviões-pato (Spizaetus melanoleucus). Todas estas espécies constam da nova lista de espécies ameaçadas publicada pela Secretaria de Meio Ambiente de São Paulo (Sema/SP). Há alguns sítios especialmente interessantes que têm rendido muita alegria a observadores de aves e fotógrafos. A área do Rio Piaçaguera (confira no Google Earth com as coordenadas 23.5156S, 46.2341W) é o local onde bandos com centenas de guarás (mais de 500 em abril passado), talha-mares (Rynchops niger), marrecas-toucinho (Anas bahamensis) e uma salada mista de maçaricos migratórios vindos da América do Norte se reúne para procurar alimento e ter onde pousar durante a maré-alta. Este é o sítio onde foram feitos os poucos registros de algumas espécies, como o Colegial (Lessonia rufa) e o maçarico (Calidris himantopus), para todo o estado. Ali também regularmente observamos jacarés e lontras.
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