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A relação dos projetos genoma e transcriptoma com a bioinformática vêm desde a história do surgimento da última. Atualmente, o sequenciamento de genomas e a análise dos transcritos de um grande número de microrganismos distintos vêm sendo realizada por diferentes grupos de pesquisa. Assim, a abordagem adotada para o sequenciamento de genomas consiste em fragmentar o DNA, cloná-lo em um vetor apropriado e sequenciá-lo. Estes procedimentos se devem à limitação do tamanho das sequências que podem ser lidas pelos sequênciadores. Estas máquinas, até mesmo as mais modernas, conseguem ler somente cerca de 1.000 pb em cada corrida.
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