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"Existem protozoários patogénicos, como os que causam a malária ou a doença do sono, mas a maioria é muito útil pois decompõem organismos mortos, ajudando a reciclar a matéria e formam um dos degraus mais baixos de muitas cadeias alimentares.
Fazem parte do zooplâncton, inserindo a matéria vegetal nas cadeias alimentares aquáticas. Os que vivem em água doce apresentam vacúolos contrácteis, o que lhes confere capacidade de osmorregulação.
Outros vivem no interior do corpo de animais herbívoros, onde, juntamente com bactérias, ajudam a digerir a celulose.
Protozoários flagelados do gênero Trichonympha vivem no intestino de cupins, participando da digestão da celulose da madeira. Se o cupim não contasse com a "ajuda" do protozoário, ele não conseguiria aproveitar a celulose como alimento e morreria. Já o protozoário encontra alimento farto e fácil no intestino do cupim. Essa relação entre duas espécies diferentes, em que há benefício para ambas as partes é chamada mutualismo."