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A diferença é que na reprodução assexuada, não há o envolvimento de gametas, o que impede a variabilidade genética.
Na reprodução sexuada, diferentemente da assexuada, existe a presença de gametas e, por essa razão, ocorre a variabilidade genética. Nesse caso, observa-se a formação de um organismo diferente dos progenitores, uma vez que é resultado da combinação dos cromossomos presentes em cada gameta. É esse tipo de reprodução é observado, por exemplo, na grande maioria dos animais, inclusive nos seres humanos que formado por dois indivíduos.
Espero ter ajudado :)
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