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A teoria filogenética é um exemplo da teoria da evolução. Baseia-se na premissa evolutiva de uma sequência descendente de genes, populações ou espécies ancestrais. Os indivíduos que evoluem estão ligados entre si através laços históricos e genealógicos.
O processo evolutivo de especiação cria grupos que estão ligados por monofilia. As espécies herdam características, que são então transmitidas para os descendentes. Biólogos evolucionistas utilizam métodos sistemáticos e avaliam a teoria filogenética para observar e explicar as mudanças nas espécies ao longo do tempo. Estes métodos incluem a coleta, medição, observação e mapeamento de características para as árvores evolutivas. A teoria filogenética é usada para testar as distribuições independentes de características e suas diferentes formas para fornecer explicações dos padrões observados em relação à sua história evolutiva e biologia. A teoria neutralista da evolução é usada para estudar a evolução como um modelo nulo contra o qual os testes de seleção natural possam ser aplicados.
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