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As três formas mais utilizadas são:
Nome clássico ou recomendado: nomeia, geralmente, acrescentando -ase ao nome do substrato sobre o qual atua a enzima, como amilase e urease;
Nome usual: utiliza nomes consagrados pelo uso, como tripsina e pepsina;
Nome sistemático: geralmente apresenta três partes: o nome do substrato, o tipo de reação catalizada e o sufixo -ase. Por exemplo a reação de conversão da glicose-6-fosfato à frutose-6-fosfato é catalizada pela enzima denominada glicose fosfato isomerase.
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