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As matas ciliares possuem diversas funções, sendo a principal delas proteger o ambiente aquático da erosão do solo. Elas impedem que o solo das margens caia na água e cause o assoreamento.
Além da proteção física das margens dos rios, a mata ciliar recicla elementos em condições de solos encharcados, promove interação entre os ecossistemas terrestre e aquático e desempenham papel de corredor genético para a flora e fauna, o que promove um fluxo de espécies dentro e entre os diferentes biomas brasileiros.
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