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As desvantagens são: baixa variabilidade genética, sem participação de gametas, difícil adaptação a alterações ambientais.
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A grande desvantagem da reprodução assexuada é o facto de todos os descendentes do mesmo progenitor serem geneticamente iguais (a população é uniforme). Se as condições ambientais do local se modificarem e deixarem de ser propícias a esses indivíduos, estes podem desaparecer.
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