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As notícias que chegavam a Dom Manuel não respondiam às expectativas da Coroa. Não apontavam a existência de metais preciosos, de especiarias, nem de outras riquezas de interesse no território onde, à primeira vista, apenas existiam nativos. Em sua carta ao rei Dom Manuel, Pero Vaz de Caminha, o escrivão da frota de Cabral, caracterizou a terra como um espaço virgem, sem riqueza imediata, mas com uma determinada e já precisa utilidade, servindo como ponto de apoio da carreira da Índia: "ter aqui esta pousada para estar na navegação de Calicute".
Os governantes de Portugal reconheciam a vantagem estratégica de um território localizado no litoral atlântico-sul. Ele servia como escala dos navios rumo às riquezas das Índias e, sobretudo, ajudava a garantir o monopólio da Rota do Cabo, em direção às Índias. Dom Manuel tomou algumas iniciativas após o descobrimento. Em 1501, enviava uma expedição de reconhecimento comandada por Gaspar de Lemos. Américo Vespúcio, navegador italiano, de grandes conhecimentos náuticos, integrando a expedição, recolheu informações sobre o local e suas possíveis riquezas.
Ainda em 1501, o rei de Portugal comunicava a descoberta da Ilha de Vera Cruz, depois chamada de Terra de Santa Cruz, aos reis de Espanha, Fernão de Aragão e Isabel de Castela, seus sogros e rivais.
Por um longo período, a terra americana permaneceu quase que em abandono. A Índia continuava a ser o grande alvo das navegações marítimas portuguesas. Os interesses mercantil e religioso prevaleciam acima de qualquer outro. "A alternativa ao espaço índico, território das especiarias e pedras preciosas, é para todo o nosso século XVI, o Norte da África. Índia e Marrocos, por vezes, dão-se as mãos como meios para um fim mais histórico", conforme registrou o historiador português Luís Filipe Barreto