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O município de Jaguarari tem sua história atrelada à história da civilização do interior baiano, evidentemente influenciada pela chegada dos portugueses e outros povos de semelhantes países de destacado domínio técnico e científico para a época.
Com a busca e cobiça dos colonizadores por metais preciosos principalmente o ouro e a prata, o interior da Bahia foi adentrado e sofreu seus primeiros impactos sociais e ambientais, com a destruição das feições estéticas das matas e o processo forçado de escravidão à que se imputava aos nativos destas terras.
Pertencente às terras das denominadas Jacobinas, Jaguarari, em sua história, não imprime certezas quanto aos povos índios que habitavam suas paragens.
O livro História na Mão registra que a fazenda “Sítio Jaguarari” era de propriedade de Teodoro José Bonfim, Margarida de Barros, José Manuel da Paixão e Vítor de Tal.
As missões jesuíticas nas terras da Jacobina datam de 1670, ficando por vez como data provável do processo de reconhecimento e encontro dos eclesiásticos com os índios existentes, bem como da inevitável mistura de povos índios remanejados para estas terras.
Em 1888 Jaguarari era um povoado consideravelmente desenvolvido, em 1893 tornou-se distrito de Vila Nova da Rainha, em 6 de agosto de 1926 galgou a posição de município, se desvinculando do município de Senhor do Bonfim.
