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Um estudo de 2003 realizado pelo IBAMA determinou os três principais ecótonos no Brasil: o Cerrado-Amazônia, que representa 4,85 % do território brasileiro (maior que os biomas Campos Sulinos e Costeiro juntos); o Caatinga-Amazônia, que corresponde a 1,7%; e o Cerrado-Caatinga, com 1,3%
Um ecótono é uma região resultante do contato entre dois ou mais biomas fronteiriços. São áreas de transição ambiental, onde entram em contato diferentes comunidades ecológicas – isto é, a totalidade da flora e fauna que faz parte de um mesmo ecossistema e suas interações. Por isso, os ecótonos são ricos em espécies, sejam elas provenientes dos biomas que o formam ou espécies únicas (endêmicas) surgidas nele mesmo.
As características singulares dos ecótonos fazem com que mereçam atenção especial de conservação: o traço principal é o fato de ser um ecossistema formado entre outros ecossistemas. Tamanho, microclima, recursos de que dispõe e as combinações de espécies são diferentes em cada ecótono, que, por sua vez, são fatores influenciados por clima, altitude, latitude, longitude e tipo de solo.