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Olá!!!
As bactérias são organismos unicelulares, sendo em média dez vezes menores do que uma célula eucarionte, Costumam possuir uma parede celular rígida que envolve externamente a membrana plasmática, constituída por uma trama de peptídeos (proteínas) interligados a polissacarídeos (açúcares). Essa substância é responsável pela forma, proteção física e osmótica do organismo.
Os fungos podem ser unicelulares ou pluricelulares, compostos por hifas, que nada mais são do que filamentos de células que formam uma rede, chamada de micélio. Essa estrutura se estende até o alimento, realizando a absorção de seus nutrientes. Não são capazes de produzir o seu próprio alimento. Eles soltam ao seu redor uma substância chamada exoenzima, que é praticamente igual à uma enzima digestiva. Essas enzimas digerem moléculas orgânicas do ambiente, e então o fungo absorve o seu alimento que foi digerido pelas exoenzimas.
para resumir:Bactérias são seres procariontes (não possuem carioteca), não apresentam parede celular em suas células, e se reproduzem de forma assexuada.
Já os fungos, são seres eucariontes (apresentam membrana nuclear ou carioteca), possuem parede celular formada de quitina, e se reproduzem de forma sexuada.
Além disso, vale salientar que existem fungos saprófagos, que atuam de forma decompositora, assim como as bactérias.
espero ter te ajudado!!:)