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O estômago secreta ácido clorídrico e pepsinogénio. O HCl tem como função fornecer alguma protecção contra colonizações bacterianas indesejáveis e activar o pepsinogénio . Por acção do H+, o pepsinogénio é convertido em pepsina, uma protease.
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A sua função é atuar sobre o quimo, proporcionando a digestão gástrica dos alimentos, principalmente das proteínas. O HCl presente no suco ajuda a destruir as bactérias presentes nos alimentos.
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