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Entre as bactérias respiradoras há as que realizam a respiração celular aeróbica, onde o gás oxigênio é o aceptor final de íons hidrogênio, e as que realizam a respiração celular anaeróbica, onde o gás oxigênio é substituído por outras moléculas, que funcionam como aceptores finais de hidrogênio, tais como nitratos ou sulfatos.
Na ausência de oxigênio, no entanto, outras bactérias, como Lactobacillus, Streptococcus, Escherichia, etc., realizam processos de fermentação láctica ou alcoólica.
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