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Em 1549, Tomé de Sousa chegou ao Brasil, trazendo consigo centenas de colonos, degredados e religiosos, estes chefiados pelo Padre Manuel da Nóbrega. Nomeado por um período de quatro anos, doou sesmarias aos colonos para que montassem fazendas. No dia 1º de maio de 1549 começou a construir a cidade de Salvador, que seria a primeira capital do Brasil. Os trabalhos tiveram a ajuda de nativos amigos de Diogo Álvares Correia, o Caramuru, náufrago português que viveu 22 anos isolado com os tupinambás. Entre os principais problemas enfrentados pelo primeiro governador-geral, estava a luta pelo reconhecimento de sua autoridade, contestada por diversos donatários, entre os quais Duarte Coelho, da próspera capitania de Pernambuco, pois os mesmo não aceitavam, na prática, a acatar suas ordens. Tais problemas só foram superados com o tempo. Dentre as principais realizações desse governo, destacaram-se os incentivos à lavoura da cana-de-açúcar, o início da criação de gado e a organização de expedições que saíam pelas matas à procura de metais preciosos. Além disso, procurou Tomé de Sousa empreender visitas às capitanias que estavam ao seu alcance, para o encaminhamento de soluções administrativas.