Respostas
Uma rebelião nativista é aquela que defende que os direitos dos povos nativos de um país (não confundir com indígenas, embora estes também sejam "povos nativos") devem ser o principal objeto de preocupação do governo que controla este país, expulsando elementos estrangeiros e estabelecendo um governo "local".
No caso do Brasil, eram as rebeliões que desejavam expulsar a administração portuguesa e estabelecer um governo brasileiro genuíno. Isto não necessariamente envolve fundar um novo país ou separar-se do atual.
As rebeliões separatistas, por sua vez, desejam separar-se politicamente de um país, de modo que fundam um novo governo em um novo país, expulsando os elementos estrangeiros ao mesmo tempo em que fundam, de fato, uma nova nação.
Rebelião Nativista são os que desejavam apenas diminuir a exploração da metrópole
Rebelião Separatista são os que com o próprio nome indico são as que buscavam a separação. Isto é, a independência do Brasil de Portugal