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A morte do jovem rei de Portugal D. Sebastião na Batalha de Alcácer-Quibir levou a uma crise de sucessão já que D. Sebastião não teria deixado descendência pela sua tenra idade. Atendendo à proximidade de parentesco, coube a governação ao cardeal D. Henrique, aclamado Rei de Portugal a 28 de Agosto de 1578.
A notícia da derrota de Alcácer-Quibir foi levada ao cardeal, então no Mosteiro de Alcobaça, pelo provincial da Companhia de Jesus e o Dr. Jorge Serrão. O cardeal, encarregado da regência do reino por proximidade de parentesco, convocou as Cortes de Lisboa de 1579 para estudar a situação decorrente da sua avançada idade e vínculo religioso. Não sendo casado e não tendo herdeiros, a sua regência seria meramente provisória. Mas mesmo assim ele foi coroado.