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São encontradas no núcleo das células eucarióticas. As histonas das Archaea são diferentes às histonas precursoras nos eucariontes. São conhecidas 5 classes de histonas, não contando as histonas dos Archaea: Duas histonas de cada classe (H2A, H2B, H3 e H4) agregam-se para formar um nucleossoma, juntamente com DNA
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