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No dia 23 de maio de 1592, Bruno foi levado para o cárcere do Santo Ofício de San Domenico de Castello. Em Roma, o julgamento durou oito anos. As numerosas acusações contra Giordano Bruno eram baseadas em alguns de seus livros, que para a Igreja continham blasfêmia, conduta imoral e heresia aos dogmas católicos. Para livrá-lo da morte, a Santa Inquisição exigia a retratação integral de suas teorias. Quando questionado pelos inquisidores destacava que suas ideias eram puramente filosóficas e não religiosas, mas o argumento não foi aceito. No dia 18 de fevereiro de 1600, foi condenado à morte na fogueira e obrigado a ouvir sua sentença de joelhos. Nesse momento desabafou: “Talvez sintam maior temor ao pronunciar esta sentença do que eu ao ouvi-la”.
Giordano Bruno foi queimado na fogueira, no Campo de Fiori, em Roma, no dia 17 de fevereiro de 1600.