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As cianobactérias, que proliferam em ambientes aquáticos poluídos por esgotos, são responsáveis pela produção de alguns tipos de toxinas (cianotoxinas), estando entre as mais comuns as Microcistinas, normalmente produzidas pela espécie Microcystis aeruginosa.
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Uma das formas de avaliação dos efeitos da poluição causados por mudanças ambientais ou atividades antrópicas, sobre a vida aquática dos mananciais, pode ser com o uso de bioindicadores. Como variável biótica que indica poluição, destaca-se as cianobactérias, por serem estas resistentes aos poluentes.
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