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As cepas, por sua vez, se tratam de variantes ou um grupo de variantes dentro de uma linhagem. Elas têm como característica a apresentação de comportamentos distintos ao vírus original.
Esses conjuntos formados podem apresentar, por exemplo, taxas de infecção ou mortalidade menores ou maiores, ou resistência a determinados anticorpos. Por isso devem ser estudadas, para que haja uma preparação correta de combate.
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