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Resposta:
FATO
O fato pode consistir na observação de tal fenômeno, como por exemplo... "Há um arco-íris", "um raio caiu". É um fato, aconteceu. E o fato vai ser observado e descrito para posterior análise. Ademais, o fato ele pode consistir no processo de repetir determinado experimento e ter o mesmo resultado. Como Mendel fez com as ervilhas (Assunto de Genética, primeira Lei de Mendel). Mendel pegou uma ervilheira de ervilhas de cor amarela pura e fez a autopolinização/autofertilização ( Pegou essa ervilheira e fertilizou com ela mesma). Mendel fez isso muitas vezes e concluiu que, ao fazer autopolinização sempre ia dar ervilheiras com ervilhas de cor amarela. Logo, é um fato que fazer essa autofelização vai gerar ervilheiras, com ervilhas amarelas.
HIPOTÉSE
A hipótese surge com uma problemática, uma dúvida. Primeiro o cientista observa tal fenômeno e depois fórmula uma hipótese para explicar aquele fenômeno. Mas, a hipótese ela pode ou não ser fundamentada. Para isso, é necessário experimentação.
TEORIA
A teoria é a explicação de tal fenômeno já com a sua fundamentação, experimentação. Ela pode mudar de acordo com novas descobertas. Mas, dificilmente acontece. Justamente, pois o processo de formulação da Teoria, segue os métodos científicos. Por exemplo, a Teoria da Relatividade Geral: ela busca explicar o motivo que ocorrem as órbitas dos astros: curvatura, "enrugamento" do "tecido" do espaço-tempo.