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A teoria endossimbiótica admite que cloroplastos e mitocôndrias tiveram sua origem a partir de um procarionte que viveu em simbiose com uma célula eucarionte. Ela foi proposta por Lynn Margulis, em 1981. Segundo ela, podemos considerar que os ancestrais das mitocôndrias e cloroplastos eram organismos endossimbiontes, ou seja, organismos que vivem dentro de outro organismo. Possivelmente, a célula hospedeira era uma espécie de fagócito heterotrófico capaz de englobar partículas.
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