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Elas teriam surgido por invaginações da membrana plasmática nas células, foram evoluindo e deram origem às organelas como lisossomos, complexo golgiense, etc. Organelas como a mitocôndria e os cloroplastos (nas células vegetais) teriam surgido, segundo teoria, por endossimbiose. De acordo com esse processo, houve fagocitose de células procarióticas pelas células eucariontes. Acredita-se que essas células procarióticas teriam dado origem à tais organelas.
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