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As principais diferenças entre arquéias e bactérias são baseadas em aspectos moleculares-estruturais e metabólicos que iremos desenvolver abaixo. O domínio Archaea taxonomicamente agrupa microorganismos unicelulares que possuem morfologia de células procarióticas (sem membrana nuclear ou membranas de organelas citoplasmáticas), características que se assemelham a bactérias.
No entanto, também existem características que os separam, uma vez que os arcos são equipados com mecanismos de adaptação muito particulares que lhes permitem viver em condições extremas .
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