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Estima-se que 30-40 espécies de bactérias dominam o ecossistema intestinal, as quais pertencem aos gêneros Bacteroides, Bifidobacterium, Eubacterium, Fusobacterium, Clostridium e Lactobacillus.
As principais bactérias que compõe a microbiota entérica também podem ser agrupadas pela atuação no nosso organismo: benéficas/probióticas e patogênicas.
Como exemplo de bactérias benéficas/probióticas temos as Bifidobactérias e os Lactobacilos (gêneros Bacteroides, Bifidobacterium e Lactobacillus), e para as patogênicas podem ser citadas a família Enterobacteriaceae e o gênero Clostridium.
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